El militar retirado ha sido investigado porque bajo su mando entre febrero de 2006 y noviembre de 2008, se habrían cometido un aproximado de 2.500 asesinatos de civiles que luego fueron reportados como bajas en combate con las guerrillas. Por esta razón ha comparecido ante la JEP y en su segunda audiencia afirmó que: “Son los comandantes de batallón y brigada quienes deben responder sobre cómo y por qué sucedieron los crímenes”.

Una de las preguntas realizada por los magistrados fue qué debía hacer el Ejército para que estos hechos no vuelvan a presentarse, ante lo cual contestó: “Es la pregunta más difícil, lo primero que se pierde en la guerra es la verdad porque es una cosa muy complicada. Diré algo dentro del corazón, hemos hablado permanentemente de la profesionalización del Ejército y me duele decirlo, pero los muchachos que van a la institución son los de abajo, los de estrato 1,  no van los estratos 2, 3, y 4, nos toca enseñarles cómo se utiliza el baño, como se utilizan los cubiertos, entonces no es fácil”.

Por otro lado, también opinó que el reclutamiento debe ser obligatorio y se “debe mejorar la calidad humana”.

El oficial en retiro insistió en negar haber ordenado asesinatos indicando: “Yo exigí resultados operacionales, operaciones, no bajas. Nadie puede decir que el general Montoya mando a matar, ni que me enteré que habían matado”.

Montoya invitó a los magistrados a que también pregunten a los “comandantes del batallón o de la brigada” sobre la creación de reconocimientos que habrían motivado la aparición de los falsos positivos.